一、病原不同：
鸡滑液囊支原体(MS)
滑液囊支原体呈多形态的球形体，比鸡毒支原体稍小，革兰氏染色为阴性。仅有一个血清型，不同菌株的致病力存在差异。滑液囊支原体具有一般支原体的特征，即发酵葡萄糖，不水解精氨酸，不能利用尿素。在人工培养时，MS的营养要求比MG高。
鸡毒支原体（MG）
鸡毒支原体按照分类学属于软体纲支原体目支原体科支原体属。革兰氏染色为阴性。目前为止仅发现1个血清型，但各个分离株之间的致病性和趋向性并不一致。一般分离株主要入侵的是呼吸道黏膜。
二、发病原理不同：
鸡滑液囊支原体
又称滑液支原体感染、滑液囊霉形体感染、滑膜囊霉形体感染、传染性滑液囊炎、传染性滑膜炎。是鸡和火鸡的一种急慢性传染病，病原主要入侵的是关节部位，表现为关节肿大，滑液囊和腱鞘发炎等。该病病程较长，笼养鸡不易被发现。
鸡毒支原体
鸡毒支原体感染又称为“慢性呼吸道疾病”，在鸡主要表现为呼吸道症状，如气管炎、气囊炎等。该病发病时间较长，病原主要在气管粘膜的纤毛上和气囊上定植，而气管纤毛末端和气囊上没有血管，药物是通过血液运输到达作用部位后，再通过扩散作用于鸡毒支原体，因此药物只能减少气管纤毛和气囊上定植的鸡毒支原体数量和减轻临床症状，而不能完将其杀灭，因此鸡毒支原体感染一般为一次感染会终生处于持续性感染的带菌状态，当鸡群处于应激状态，如寒冷刺激、疫苗免疫时，又会表现出临床症状。
三、临床症状不同：
鸡滑液囊支原体
自然接触感染的潜伏期一般为10～20d，经蛋垂直感染的雏鸡可在1周龄内发病。不同毒株的致病力有较大差异，故临床上，有些病例表现为严重的关节病症，而另外一些病例则表现为严重的呼吸道症状，也有二者兼而有之的。关节型病例：感染初期，病鸡精神尚好，饮食正常；病程稍长，则精神不振，独处，喜卧，常呆在料槽和水槽边，食欲下降，生长停滞，消瘦，脱水，鸡冠苍白，严重时鸡冠萎缩，呈紫红色。典型症状是跗关节和跖关节肿胀、跛行，甚至变形；慢性病例可见胸部龙骨出现硬结，进而软化为胸囊肿。成年鸡症状轻微，仅关节肿胀，体重减轻。呼吸型病例：表现为打喷嚏，咳嗽，流鼻涕，常在接种活疫苗或遭受其他应激如断喙、大风降温后出现呼吸道症状。排绿色粪便。
鸡毒支原体
临床上，通常表现的症状是气管锣音、咳嗽、流鼻涕、流眼泪，一侧或两眼睑肿胀或粘合。雏鸡表现为生长迟缓、发育不良、病弱雏增多，淘汰率增加；蛋鸡多表现为产蛋下降，这种产蛋率下降通常会维持在一个低的产蛋水平上，会持续几十天至几个月不发生变化，因不像其它疾病引起的产蛋率下降那样突然和明显，往往会被养鸡人员所忽视。通常情况下，其产蛋率会下降10%左右，严重时可达20~30%。
四、病理变化不同：
鸡滑液囊支原体
在发病的关节、龙骨滑液囊内有粘稠方的、乳酪色至灰白色渗出物，随病程的延长，在腿鞘关节、肌肉和气囊中也可发现干酪样渗出物以及关节面的溃疡。有呼吸道症状的鸡可发现气囊混浊、增厚。
鸡毒支原体
剖检时主要肉眼病变为鼻腔、气管、支气管内含有多量粘稠的分泌物。气囊增厚，囊腔内有干酪样渗出物，似炒鸡蛋样，气囊粘连，有时也能见到肺炎病变。严重病例常伴有心包炎、肝包膜炎。
五、预防及治疗方法不同：
鸡滑液囊支原体
1. 预防方案：
14日龄之前使用林可大观霉素2-3天，14-15日龄使用支必妥5号，按照2000羽/瓶饮水或拌料，连用2天。以后每40-45天使用一次。可根据养殖场具体的免疫程序调整使用时间。
2. 治疗方案：
发病前期大观霉素与林可霉素配合使用，连用2-3天，然后使用支必妥5号按照1000羽/瓶饮水，连用2天。对病情严重体况较差的病鸡应做及时淘汰处理。
鸡毒支原体
1. 预防方案：
14日龄之前使用强力霉素+泰妙菌素（或泰乐菌素）2-3天，14-15日龄使用支必妥1号，按照2000羽/瓶饮水或拌料，连用2天。以后每40-45天使用一次。可根据养殖场具体的免疫程序调整使用时间。
2. 治疗方案：
发病前期使用强力霉素+泰妙菌素（或泰乐菌素）2-3天，然后使用支必妥1号按照1000羽/瓶饮水，连用2天。
共性问题：
在使用药物的同时，要密切注意饲养条件的改善，包括提高饲养管理水平、加强通风、降低饲养密度、控制应激、冬季保温、避免外伤等。
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