发酵床养猪是通过参与垫料和牲畜粪便协同发酵作用，快速转化生粪、尿等养殖废弃物，消除恶臭，抑制害虫、病菌，同时，有益微生物菌群能将垫料、粪便合成可供牲畜食用的糖类、蛋白质、有机酸、维生素等营养物质，增强牲畜抗病能力，促进牲畜健康生长。
发酵床养猪的优点
1、发酵床养猪可以减轻对环境的污染。不需要对猪粪采用清扫排放，也不会形成大量的冲圈污水，从而没有任何废弃物、排泄物排出养猪场，实现了污染物“零排放”标准，大大减轻了养猪业对环境的污染。
2、相对节省人动力。由于不需要清粪，按常规饲养，能增强每员饲养量。
3、正常情况下可节省药费，猪吃了微生物菌以后，能帮助消化，节省了部分饲料，还有一定程度下提高猪群的抵抗力。并且发酵床养猪法减少了药物的使用，同时减小了猪肉的药物残留问题。
4、节约水和能源，常规养猪，需大量的水来冲洗，而采用此法只需提供猪只的饮用水，能省水80~90%%;发酵床产生热量，猪舍冬季无须耗煤耗电加温，节省能源支出。
5、据商业机构推广材料强调能节省饲料，原理是粪便给菌类提供丰富的营养，促使有益菌不断繁殖，形成菌体蛋白，猪只通过拱食圈底填充料中的菌体蛋白，补充了营养，因而在一定程度上可以相对节省一部分饲料。
6、垫料在使用3年后，形成可直接用于果树、农作物的生物有机肥，达到循环利用、变废为宝的效果。
7、发酵床上养猪，猪肉肉色红润，纹理清晰，肉质较高，有助于提高猪肉价格和市场竞争力。
发酵床养猪的缺点
日本、韩国等国家地处亚寒带，在实践过程中确实效果明显，但在我国不少地区，许多养猪人经过试验后却发现发酵床养猪法也存在不少不足之处，主要体现在以下几个方面：
1、不能使用化学消毒药品和抗生素类药物
发酵床养猪法猪舍内不能使用化学消毒药品和抗生素类药物，如果使用将杀灭和抑制微生物(所谓的益生菌)，或抑制其繁殖，使得微生物的活性降低，虽然推广的商业机构强调发酵床养猪疾病较传统饲养发病率会下降，但不是不会发生，而当猪场和猪群发生呼吸道疾病时，养猪同行面临着两难的选择，不用药，猪生长速度缓慢，成活率和生长速度、饲料报酬均降低，利益得不偿失。
另外所谓的益生菌是不可能抑制病毒，当猪场发生蓝耳病、圆环病毒等常见病毒性疾病，或者口蹄疫、猪瘟等烈性传染病时，连化学消毒药都不能使用，单纯靠隔离治疗疫病是不可能受控制的，但一用药就不能再发酵了，并且病毒将长期存在在发酵床养猪猪舍的温床上，一旦发病将损失惨重。发酵床养猪猪只不可能不会得病，菌种在这个浓度下是很脆弱的，相对于这些年来养猪造成的耐药菌根本不是对手。
2、养猪成本太高
建设成本高，猪舍占地面积大，100平方米只能养50-70头猪(每头猪占地面积1.5平方米)，而目前规模化养猪可饲养100头，现有的猪舍不能用，要一大笔费用来改造(要垫3尺厚的锯木，而且要杂木的)。
有些发酵床养猪法的推广者强调一次性喷洒菌液可以维持很长时间的菌种生长。要知道，菌种的生长是和垫料的组成以及温湿度直接相关。就目前所呈现的比较粗犷的垫料组成(甚至垫料的组成成分还可以根据当地资源进行调配)，能否对菌种的生长提供适宜的条件呢?显然不行，那就需要定期喷洒，但菌液的成本代价又是非常高的，因为对浓度要求比较高，势必会增加成本。另外，猪在猪栏活动范围大，跑来走出消耗能量，饲料转化率可能下降。
3、猪易患呼吸道疾病
发酵床是靠木屑、米糠等粉状物吸收猪的排泄物，而猪有拱食的习惯，木屑、米糠等粉状物会因为猪拱食物进入呼吸道，造成呼吸道疾病。
4、猪的抵抗力下降
发酵后在垫料中存在着大量的霉菌毒素，猪有拱食的习惯，猪只采食霉菌毒素后,常引起免疫抑制，抵抗力下降，饲料报酬不升而降。
5、温度过高影响猪的生长
夏季猪舍内温度过高，影响猪的生长发育，日本是高层养猪，很多猪场猪舍内均装有空调，而发酵床养猪猪舍内发酵起来温度太高，夏天不利于猪的健康生长。特别是在我国的南方地区，本来气温就很高，发酵散热虽然表层温度并不高，但使猪所处的环境温度上升，猪只生长速度缓慢、饲料报酬有所下降。
6、湿度控制困难
床面湿度必须控制在60%左右，湿度过低不利于微生物繁殖，并会导致猪发生呼吸系统疾病，而湿度过高猪寄生虫病危害严重，猪在啃食菌丝时将虫卵再次带入体内而发病，而且皮肤病危害严重。
7、猪群转群不便
发酵床养猪法猪群转群较为不便，饲喂也较麻烦，如果没有配合较先进的饲喂设备，饲养员的劳动量不一定能降低。
8、其他缺点
由于猪舍是半开放式的，受外界的环境变化的影响，如何使菌种在不同的气候条件下都能发挥较高的效率也是一个需要解决的问题。而且单位面积饲养猪的头数过多，床的发酵速度就会降低，不能迅速降解、消化猪的粪尿。根据目前我国的实际情况，大规模推行发酵床养猪法仍值得探讨，客观地说，目前发酵床养猪法比较适合我国北方地区规模较小的养猪户(场)应用。
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