要医治病鱼，必须确知病源和病况，若缺乏经验，很难准确判断病症，最基本的做法是把疾病分类，然后施行适当的治疗法，当无法知道金鱼所患的是何种病症，就只好实施较广泛的治疗法，采取药性较广的药物，倘若发现缸中一尾金鱼生病，便应立即把病鱼移到另一个隔离治疗缸去，这样才能防止其它金鱼也受感染，下面将金鱼疾病的治疗方法介绍如下：
烂尾和烂鳍症
【发生原因】金鱼由细菌引起的烂尾、烂鳍症传染性极高，从鳍条开始，继而身体腐烂至死。
【发病症状】烂鳍症有两种病征，第一种由鳍边开始腐烂，再向内伸展，第二种由鳍中央部分开始，向四面八方蔓延。患处变白色，最后脱落。金鱼运送或产卵后身体抵抗力会减弱，此时最易感染此疾病。
【防治方法】病鱼一经发现，必须立即隔离，施以抗生素或叮啶黄等药剂来治疗病鱼。烂鳍症的病征出现较慢时，治疗法是更换部分缸水，清洗过滤器和添加少许食盐入缸内，并停止喂食数天。食盐疗法的作用是增加水的比重，改变水中的渗透压，透过渗透作用的变化来杀死细菌和其他的病原体，也可直接使用市售的Sera治细菌治生虫剂、美利坚灭菌灵、女王鲸专治金鱼疾病剂、女王鲸治细菌剂及AZ00治细菌剂来治疗。
细菌性鳃病
【发病症状】感染细菌性鳃病的金鱼，最初的病征是食欲不振，常停在水面下，且呼吸急促，若是揭起鳃盖后缘，会见到呈白色的残缺锶丝。尤其在拥挤的鱼缸中，当水质变坏时，金鱼最易感染此症，且传染性很高，因此须隔离病鱼。
【防治方法】治疗此病的方法及药剂和细菌性烂尾、烂鳍症相同，但需加盐到水中（每一百公升水量加两公克食盐），以减少金鱼体液由腐烂的锶丝流失到鱼体外，导致金鱼脱水而死。真菌也会引致烂鳃，因此要改善水质，这样才可控制病情。过滤器能清除悬浮微粒，防止细菌及真菌滋长，保持缸水清洁，因此加强过滤系统能够防止鳃病的发生。
立鳞病
【发病症状】在水族箱内，常可发现金鱼因病而导致鳞片突出并脱落，大部分病鱼的鳞片几乎会全部立起来，仅有少数的病鱼出现部分立鳞现象，如果摩擦病鱼的体表，原已松动的鳞片就会纷纷脱落。
【发生原因】引起此病的病原体尚不清楚，但多在冬季和夏季水温低时发生。
【防治方法】立鳞病的死亡率很高，若是及早发现，施以抗生素治疗，如美利坚灭菌灵及AZ00治细菌剂也可治愈病鱼，此病无传染性，但照顾病鱼却是相当麻烦。
红点病
【发病症状】病鱼的体侧及腹部均会出现明显的红斑点，此为其最大的特征。倘若水中细菌大量增加，金鱼皮肤会受到破坏，因而充满血液。
【防治方法】应立即更换缸水，便可不药而愈。严重的病鱼则需隔离，施以抗生素治疗。
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