甜玉米的选育方法：
（1）自交系选育，从农家品种或现有甜玉米杂交种中自交筛选优良自交系，这些自交系可以直接利用，或回交转育到普通玉米自交系中，成为同型甜玉米自交系。
（2）选配甜玉米杂交种，也可以配成甜玉米综合种。
（3）在选择上要突出品质特征，外观品质要注意果形、粒形、粒色；内在品质要注意测定含糖量、WSP含量、淀粉含量（均采用蒽酮法）等指标，测定果皮的厚度（显微镜法）。根据测定结果选择自交系和甜玉米杂交种。甜玉米的选择还必须经过品尝来确定风味和加工品质。各甜玉米品种之间在采收时期虽有差异，但一般是在开花授粉后18~25天左右，所以要掌握的采收期和品尝时间。
甜玉米的产量一般以鲜重果穗来表示，故测产是在青果穗采收期进行的。甜玉米的病虫害较为严重，提高现有材料及杂交种的抗病虫性和抗逆性也是甜玉米育种中较为突出的问题。注意选择抗性强的自交系选配杂交种，果穗苞叶较紧，不露尖，这也是抗虫性好的果穗性状。
由于甜玉米的受控基因均为隐性纯合体，所以，在测定试验圃和产比试验圃都需要与普通玉米隔离400米以上；又由于各类甜玉米的受控基因载在不同的染色体上，所以，不同类型的甜玉米之间也需要隔离。
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