大体来说，主要是在果实形成前（花芽分化期）或果实形成中受到了各种因素的影响，其中温度、水分、营养、点花药等是影响较大的几类因素，另外药剂使用不当、虫害或机械损伤等也会造成花果畸形。
所以在预防花果畸形之前要先分析出造成其畸形的原因，才能更好的做好预防。
1品种因素
某些作物畸形果的发生与品种有一定的关系。
如番茄，一般认为大型果品种的畸形果较多，中小型果品种的畸形果较少。
番茄裂果与品种和水分条件有关，在选择时要选择抗裂、枝叶繁茂、果皮较厚且较韧的品种。
2花芽分化不良
主要是由于在花芽分化期遇到了不适宜的温度、供水不足、连续阴雨光照不足等环境因素，导致花芽分化障碍，在花芽形成以后就处于畸形状态，结出的果实也就是畸形的。
或者是在授粉受精过程中遭遇以上不良因素，使得授粉受精不良，形成不正常的花或果实。
如黄瓜曲形瓜。
3根系受伤或者发育不良
瓜类作物植株根系发育不良时，养分吸收受到抑制，植株抗性下降，叶片生长不良，光合产物以及所吸收的营养不能很好的输送到瓜条中去，容易造成瓜条畸形并且空心。
4肥料使用不合理
（1）缺乏钙硼肥料
只要是结果类蔬菜，在结果盛期都需要大量的钙肥，所以如果瓜类蔬菜钙硼肥缺乏，也会造成瓜条空心，口感发苦，黄瓜上会出现细腰瓜。
（2）氮肥施用过多
番茄中出现的多心室巨形畸形果，一般是由于栽培过程中，氮肥施用过多，导致花芽过度分化，心室数目增多而造成的。
5开花结实量多，养分分配不均
开花结果较多，后期果实长大过程中，养分分配不均，会造成果实大小不一，产生畸形果。
6温度、光照条件不适宜
尤其是夏季，温度较高，若遇连阴天，一些在遮阳网下进入开花坐果期的作物，会由于长时间的缺乏光照，出现花果焦化、果实畸形的情况。冬季温度较低，若作物连续受低温障碍，也会出现畸形果。
7植物生长调节剂使用不当
为达到保花保果的效果，番茄生产过程中过多使用2,4-D或防落素等植物生长调节剂，但是使用过程中药剂使用浓度过大、蘸花时间选取不当、温度不合适、重复蘸花等因素，均容易形成畸形果。
8病虫害原因
导致畸形花果的主要就是病毒病。番茄、西葫芦、黄瓜、苦瓜等蔬菜受病毒病影响较为严重，常造成大量畸形花果的出现。
如花叶病毒、条斑病毒、绿斑驳病毒等，不仅会严重影响番茄、黄瓜的开花坐果，已长大的果实也会变成花脸果、青皮果及生瘤，果面凹凸，丧失商品价值。
蔬菜作物果实畸形的预防措施
1做好苗期管理，确保花芽分化正常
（1）保证适宜的育苗条件
在育苗期间，控制适宜的育苗条件是防止畸形果的关键。
一是培育适龄壮苗。
二是幼苗出土后要控制好温度和肥料使用，生产中避免作物在超出耐受低温以下进行低温炼苗和多氮肥育苗。
（2）幼苗管理
适当浇水，避免土壤中水分发生剧烈变化。根是吸收矿质营养的主要器官，根系吸收能力的强弱也决定了养分供应能力的高低。
在开花坐果之前，强壮的根系可满足植株营养生长和生殖生长所需要的矿质元素，一旦根系的吸收能力渐弱，营养供应出现问题，那么势必会影响到地上部分的生长，也会对立即转入生殖生长的植株造成严重的影响。
2及时做好疏花疏果
例如番茄，正常花蕾萼片数为5~7枚，萼片在9枚以上者为畸形花，应及时摘除。
每穗结合蘸花疏掉每一穗中开放的花，它往往被称为“鬼花”，易形成畸形果，待每穗果坐齐后，再及时疏掉因蘸花而形成的残花和畸形果。
3合理使用植物生长调节剂（以番茄为例）
正确合理使用生长调节剂蘸花，能够有效降低番茄畸形果的发生。
（1）选用适合的浓度
要根据植株的长势，蘸花时的温度，合理配比。一般情况下，温度高时浓度低，温度低时浓度适当高；植株长势旺时，浓度适当高，植株长势弱时，浓度适当低。
（2）要选择合适的时期和时段
一般选择是一穗花第二朵和第三朵花花瓣完全开放，并且伸长到喇叭口时，点花为宜，点花过早易形成僵果，点花过晚会造成畸形果或裂果。选择在晴天上午，叶片上没有水滴时开始点花。
注意点花不能重复，重复后会造成药液浓度过高，容易产生畸形果，可在配置的药液中加入少量的红色颜料或墨汁做为标记。
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